Pondok Pesantren Mursyidul Falaah mengadakan pengajian klasikal dengan Literatur Kutubus Salaaf Al-Mu’tabaroh (kitab-kitab kuning) dengan kurikulum sebagai berikut :
Tahun Pertama (Kelas 1)
Al-Quran (Juz ‘ama), Safinatun Naja (Fiqih), Qutrotul Mufidah (Tauhid), Al-Ajurumiyyah (Nahwu) dan Qowai’dut Tashrif (Shorof), Hidayatusshibyan (Tajwid), dan Khulasoh Nurul Yaqin.
Tahun Kedua (Kelas 2)
Al-Quran, Riyadul Badi’ah, Sullamut Taufiq (Fiqih), Risalah Bajuri/ Matan Tijanud Daruri (Tauhid), Nadzmul ‘Imriti (Nahwu), dan Tashriful ‘Izzi /Matan Al-Kailani (Shorof).
Tahun Ketiga (Kelas 3)
Al-Quran (Lanjutan), Fathul Qorib (Fiqih), Mutammimah Aljurumiyyah (Nahwu), Nadzmul Maqshud (Shorof), Abi Jamroh (Hadits), dan Durorul Bahiyah (Fiqih)
Tahun Keempat (Kelas 4)
Al-Quran (Lanjutan), Fathul Qorib Awwal (Fiqih), Ummul Barohin (Tauhid), Alfiyah Ibni Malik Awwal (Nahwu dan Shorof), Fathul Mu’in, Nadzom Nasta’in, Risalah Samarqondiyah, Sullam Munawwaroq (Mantiq), dan Riyadhus Sholihin (Hadits).
Tahun Kelima (Kelas 5)
Al-Quran (Lanjutan), Fathul Qorib Tsani (Fiqih), Ummul Barohin (Tauhid), Alfiyah Ibni Malik Tsani (Nahwu dan Shorof), Fathul Mu’in, Nadzom Nasta’in, Risalah Samarqondiyah, Sullam Munawwaroq (Mantiq), dan Riyadhus Sholihin (Hadits).
Tahun Keenam (Kelas 6)
Al-Quran (Lanjutan), Fathul Mu’in (Fiqih), Jauharul Maknun (Balaghoh), Ummul Barohin (Tauhid), Alfiyah Ibni Malik (Nahwu dan Shorof), Nadzom Nasta’in, Risalah Samarqondiyah, Sullam Munawwaroq (Mantiq), Asybah Wa An Nadzoir (Ushul Fiqih), Tafsir Al Jalalain (Tafsir Al-Qur’an) dan Riyadhus Sholihin (Hadits).
Tahun Ketujuh dan Seterusnya
Pembimbingan para santri untuk mempersiapkan terjun di masyarakat atau melanjutkan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi di pesantren ini maupun di pesantren lain.
Selain kitab-kitab tersebut, dipelajari juga kitab-kitab tambahan pada waktu-waktu tertentu, terutama pada ‘pasaran’ bulan Ramadlan. Kitab-kitab tambahan ini disesuaikan dengan jenjang – jenjang tersebut di atas.
Pengajian dilakukan secara sorogan, bandungan dan hafalan mulai pukul enam pagi selama enam hari per-satu minggu dengan hari libur malam dan hari jumat.
Pada setiap malam jumat diadakan kegiatan pembacaan kisah maulid Nabi Muhammad SAW dan tamrinul khithobah/ muhadhoroh diniyah. Sedangkan untuk melayani masyarakat, diselenggarakan majlis ta’lim rutin setiap hari kamis pukul 14.00 s.d. 16.00 sore, yang diikuti oleh masyarakat sekitar pesantren maupun masyarakat luas.
